Nach Abschluss der Relegation steht die Zusammensetzung der Regionalliga Bayern für die Saison 2016/17 fest. Nach dem TSV Rain und dem FC Amberg muss auch die Viktoria Aschaffenburg Bayerns Fußball-Oberhaus wieder verlassen. Dies belegt, wie schwer es ist in der Regionalliga zu bestehen, denn alle drei Aufsteiger sind postwendend wieder abgestiegen. Mit dem SV Seligenporten, VfR Garching, der SpVgg Bayern Hof und dem TSV 1860 Rosenheim ist drei Mannschaften der Wiederaufstieg gelungen, die schon in der Regionalliga gespielt haben. Meister SSV Jahn Regensburg hat den Aufstieg in die 3. Liga geschafft.

Die Zusammensetzung der Regionalliga Bayern: SV Wacker Burghausen FC Nürnberg II SpVgg Unterhaching FV Illertissen FC Bayern München II SpVgg Bayreuth TSV Buchbach SpVgg Greuther Fürth II TSV 1860 München II FC Ingolstadt 04 II FC Memmingen SV Schalding/Heining FC Schweinfurt 05 FC Augsburg II SV Seligenporten (Aufsteiger) VfR Garching (Aufsteiger) SpVgg Bayern Hof (Aufsteiger) TSV 1860 Rosenheim (Aufsteiger)